Problemas de salud

Ya que casi todos los amish que existen en la actualidad descienden de los pocos cientos de fundadores que vivieron en el siglo XVIII, han ocurrido casos de dolencias genéticas hereditarias, algunas de las cuales son bastante raras, en ciertos casos prácticamente únicas, y algunas pocas llegan a ser muy serias. Dichos trastornos han causado un aumento en la mortalidad infantil en las comunidades amish. La mayoría de los amish aceptan esto como Gottes Wille («voluntad de Dios»), rechazando cualquier tipo de exámenes genéticos previos al matrimonio para prevenir estas dolencias, y negándose a que se practiquen exámenes genéticos en el feto. No obstante, ha habido casos en los que los padres de los niños afectados han cedido a las investigaciones. De cualquier forma, los niños que llegan a presentar alguna discapacidad física o mental son amados, cuidados y atendidos al igual que los niños sanos. Algunas veces sí se da la diversidad genética entre las comunidades, dado que la relación entre ellas ha sido lo suficientemente distante. Así, los trastornos genéticos presentes en una comunidad pueden estar ausentes en otra. Por ejemplo, aunque dentro de los amish del condado de Lancaster hay solo unas pocas familias fundadoras, estas son bien distantes de las familias fundadoras de la comunidad amish del condado de Perth, en Canadá.
Muchos padres de niños discapacitados están haciendo uso de la tecnología moderna para cuidar de sus hijos. La amplia mayoría ha recibido permisos especiales de sus líderes religiosos para utilizar ciertos aparatos eléctricos, pero en algunos casos fue imposible obtener dicha autorización, lo que ha llevado a algunos padres a abandonar el estilo de vida amish, siendo por ello «expulsados» por su comunidad.
Aunque los amish están exentos de la Seguridad Social de los Estados Unidos (según el proyecto de ley relativo a Medicare promulgado en 1965), es de notar que los amish pagan impuestos, pero como parte de su rechazo a los seguros, los amish no aceptan ayuda del gobierno, ni en salud ni en alimentación.